北京国家会计学院是国务院于1998年批准成立的国务院事业单位，由财政部代管。2012年纳入财政部所属事业单位机构编制。学院实行董事会领导下的院长负责制，董事会由财政部、中央组织部、国家发展与改革委员会、国务院国有资产监督管理委员会、商务部、教育部、人社部、中国人民银行、审计署、国家税务总局、中国证监会、中国银监会、国务院台湾事务办公室等组成。董事会主席由财政部部长担任。